Entering edit mode
Hello everyone,
I am trying to use the SomaticSignatures package, which have a very complete vignette but I encounter trouble with the motifMatrix function.
I built a vr object with my reference genome and a VCF file. Then I get a "VRanges object with 6 ranges and 70 metadata columns" and from there I don't understand how to use the motifMatrix function and which argument to prefer to build the "M matrix" of the vignette and to go further with the evaluation of the signature.
Here is my session (I'm sorry for the length):
> head(Caf62_motifs)
VRanges object with 6 ranges and 70 metadata columns:
seqnames ranges strand ref alt
<Rle> <IRanges> <Rle> <character> <characterOrRle>
[1] chr5 [149495253, 149495253] * T C
[2] chr5 [149495287, 149495287] * G C
[3] chr5 [149495395, 149495395] * T C
[4] chr5 [149500397, 149500397] * T C
[5] chr5 [149505131, 149505131] * A C
[6] chr5 [149509270, 149509270] * A G
totalDepth refDepth altDepth sampleNames
<integerOrRle> <integerOrRle> <integerOrRle> <factorOrRle>
[1] 10522 <NA> <NA> none
[2] 10548 <NA> <NA> none
[3] 2957 <NA> <NA> none
[4] 220 <NA> <NA> none
[5] 3874 <NA> <NA> none
[6] 48870 <NA> <NA> none
softFilterMatrix | QUAL NS HS DP RO
<matrix> | <numeric> <integer> <logical> <integer> <integer>
[1] | 24.9075 <NA> FALSE 10522 10120
[2] | 31.1589 <NA> FALSE 10548 8150
[3] | 552.1050 <NA> FALSE 2957 2673
[4] | 336.5280 <NA> FALSE 220 152
[5] | 1766.6900 <NA> FALSE 3874 3196
[6] | 10129.5000 <NA> FALSE 48870 25252
AO MDP MRO MAO MAF SRF
<IntegerList> <integer> <integer> <IntegerList> <NumericList> <integer>
[1] 397 <NA> <NA> NA NA 6302
[2] 340 <NA> <NA> NA NA 5401
[3] 272 <NA> <NA> NA NA 1121
[4] 51 <NA> <NA> NA NA 70
[5] 674 <NA> <NA> NA NA 1790
[6] 23457 <NA> <NA> NA NA 12603
SRR SAF SAR FDP FRO FAO
<integer> <IntegerList> <IntegerList> <integer> <integer> <IntegerList>
[1] 3818 241 156 1999 1930 69
[2] 2749 199 141 1984 1913 71
[3] 1552 118 154 1999 1807 192
[4] 82 29 22 202 151 51
[5] 1406 365 309 1996 1649 347
[6] 12649 10795 12662 1996 997 999
AF FSRF FSRR FSAF FSAR
<NumericList> <integer> <integer> <IntegerList> <IntegerList>
[1] 0.0345173 1164 766 44 25
[2] 0.0357863 1220 693 42 29
[3] 0.096048 739 1068 86 106
[4] 0.252475 70 81 29 22
[5] 0.173848 927 722 191 156
[6] 0.500501 531 466 447 552
TYPE LEN HRUN MLLD FWDB
<CharacterList> <IntegerList> <IntegerList> <NumericList> <NumericList>
[1] snp 1 1 80.1793 0.0167707
[2] snp 1 7 418.825 0.00619089
[3] snp 1 1 273.03 -0.00983297
[4] snp 1 2 55.3924 -0.00899418
[5] snp 1 2 327.282 -0.0171705
[6] snp 1 1 266.923 0.0200888
REVB REFB VARB STB STBP
<NumericList> <NumericList> <NumericList> <NumericList> <NumericList>
[1] -0.0182017 0.000559867 -0.0158247 0.535403 0.574
[2] -0.0468386 0.000914669 -0.0030182 0.546863 0.441
[3] 0.00872495 0.000172781 -0.00157773 0.535859 0.341
[4] -0.0578722 -0.0185919 0.0524898 0.578285 0.201
[5] -0.0168981 -0.00501503 0.0250835 0.509806 0.677
[6] -0.00744356 -0.0102243 0.00902207 0.542621 0
RBI QD FXX FR INFO
<NumericList> <numeric> <numeric> <CharacterList> <CharacterList>
[1] 0.0247499 0.0498400 0.000499998 .
[2] 0.047246 0.0628203 0.007999960 .
[3] 0.0131458 1.1047600 0.000499998 .
[4] 0.0585669 6.6639200 0.081814500 .
[5] 0.0240909 3.5404600 0.001999990 .
[6] 0.0214235 20.2997000 0.001999990 .
SSSB SSEN SSEP PB PBP
<NumericList> <NumericList> <NumericList> <NumericList> <NumericList>
[1] -0.014489 0 0 NA NA
[2] -0.0755476 0 0 NA NA
[3] 0.0179381 0 0 NA NA
[4] 0.134877 0 0 NA NA
[5] -0.0244993 0 0 NA NA
[6] -0.0369503 0 0 NA NA
OID OPOS OREF OALT
<CharacterList> <IntegerList> <CharacterList> <CharacterList>
[1] . 149495253 T C
[2] . 149495287 G C
[3] . 149495395 T C
[4] . 149500397 T C
[5] . 149505131 A C
[6] . 149509270 A G
OMAPALT GT GQ RO.1 AO.1 MDP.1
<CharacterList> <character> <integer> <integer> <IntegerList> <integer>
[1] C 0/1 24 10120 397 <NA>
[2] C 0/1 27 8150 340 <NA>
[3] C 0/1 552 2673 272 <NA>
[4] C 0/1 336 152 51 <NA>
[5] C 0/1 1766 3196 674 <NA>
[6] G 0/1 10126 25252 23457 <NA>
MRO.1 MAO.1 MAF.1 SRF.1 SRR.1 SAF.1
<integer> <IntegerList> <NumericList> <integer> <integer> <IntegerList>
[1] <NA> NA NA 6302 3818 241
[2] <NA> NA NA 5401 2749 199
[3] <NA> NA NA 1121 1552 118
[4] <NA> NA NA 70 82 29
[5] <NA> NA NA 1790 1406 365
[6] <NA> NA NA 12603 12649 10795
SAR.1 FDP.1 FRO.1 FAO.1 AF.1 FSRF.1
<IntegerList> <integer> <integer> <IntegerList> <NumericList> <integer>
[1] 156 1999 1930 69 0.0345173 1164
[2] 141 1984 1913 71 0.0357863 1220
[3] 154 1999 1807 192 0.096048 739
[4] 22 202 151 51 0.252475 70
[5] 309 1996 1649 347 0.173848 927
[6] 12662 1996 997 999 0.500501 531
FSRR.1 FSAF.1 FSAR.1 QT alteration
<integer> <IntegerList> <IntegerList> <integer> <DNAStringSet>
[1] 766 44 25 1 TC
[2] 693 42 29 1 CG
[3] 1068 86 106 1 TC
[4] 81 29 22 1 TC
[5] 722 191 156 1 TG
[6] 466 447 552 1 TC
context
<DNAStringSet>
[1] G.C
[2] C.C
[3] C.G
[4] T.C
[5] T.A
[6] A.C
-------
seqinfo: 25 sequences from GenomeA genome
hardFilters: NULL
> Caf62_mm = motifMatrix(Caf62_motifs, normalize = TRUE)
> head(round(Caf62_mm, 4))
none
CA A.A 0
CA A.C 0
CA A.G 0
CA A.T 0
CA C.A 0
CA C.C 0
> Caf62_mm = motifMatrix(Caf62_motifs, group = "sampleNames", normalize = TRUE)
> head(round(Caf62_mm))
none
CA A.A 0
CA A.C 0
CA A.G 0
CA A.T 0
CA C.A 0
CA C.C 0
> Caf62_mm = motifMatrix(Caf62_motifs, group = "seqnames", normalize = TRUE)
> head(round(Caf62_mm))
chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13
CA A.A NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0
CA A.C NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0
CA A.G NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0
CA A.T NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0
CA C.A NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0
CA C.C NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0
chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY chrM
CA A.A NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN
CA A.C NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN
CA A.G NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN
CA A.T NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN
CA C.A NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN
CA C.C NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN 0 NaN NaN NaN NaN
Would anyone have an idea to allow me to go further in this ?
Thank you so much,
Cheers
Guillaume
