Pbase: AddIdentificationData. How can I use MSnId objects (filtered psm) to build the Proteins database
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@viswanathanraghuram-9750
Last seen 8.7 years ago

I would like to build my Proteins database using the mzid files filtered by MsnId. Can you somebody please help me. Is it possible to add identifications from as a data.frame

Thanks

Viswanathan Raghuram
pbase MsnId mzid msnbase • 2.8k views
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Could you clarify what you are trying to do. Once you have a subset of proteins that you deem relevant, what do you want to do; where to you want to add identifications to?

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I have multiple mzID files, which I can combine and filter  by MSnId.  I would like to create a 'Proteins' object and  map the identified peptides back to the genome. Currently, I can create a 'Proteins' object and add the identified peptides in one 'mzID or more 'mzID' files, via 

p <- addIdentificationData(p, idfile),

However these are unfiltered and multiple mzid file creates a separate maps rather than a combined one.

Thanks

VR

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@laurent-gatto-5645
Last seen 5 weeks ago
Belgium

My suggestion would be to do the following (not tested though): using MSnID, calculate the filters to obtain your desired FDR, record the values and then apply them directly on the Proteins object. Something like

library("Pbase")
data(p) ## example data
delta <- pcols(p)[, "experimentalMassToCharge"] -
    pcols(p)[, "calculatedMassToCharge"]
lengths(pranges(p))
## assuming MSnID suggested a delta of 0.35
sel <- abs(delta) < 0.35
pranges(p) <- pranges(p)[sel]
lengths(pranges(p))

Note that you will need to install the latest version (0.11.3) from github:

biocLite("ComputationalProteomicsUnit/Pbase")

 

 
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Thanks.

I will try this

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@viswanathanraghuram-9750
Last seen 8.7 years ago

Unable to install  the latest version

----------------------------------------------------------

> library("devtools")
> install_github("ComputationalProteomicsUnit/Pbase")
Downloading GitHub repo ComputationalProteomicsUnit/Pbase@master
from URL https://api.github.com/repos/ComputationalProteomicsUnit/Pbase/zipball/master
Installing Pbase
Skipping 1 package ahead of CRAN: ggplot2
"C:/PROGRA~1/R/R-devel/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD  \
  INSTALL  \
  "C:/Users/Viswanathan/AppData/Local/Temp/RtmpSSoTcF/devtools39ea43b975fa1/ComputationalProteomicsUnit-Pbase-9e90914"  \
  --library="C:/Users/Viswanathan/Documents/R/win-library/3.3" --install-tests 

* installing *source* package 'Pbase' ...
** R
Error in parse(outFile) : 
  C:/Users/Viswanathan/AppData/Local/Temp/RtmpSSoTcF/devtools39ea43b975fa1/ComputationalProteomicsUnit-Pbase-9e90914/R/Proteins:201:9: unexpected symbol
200:     if (!identical(names(object@pranges, names(values)))
201:         stop
             ^
ERROR: unable to collate and parse R files for package 'Pbase'
* removing 'C:/Users/Viswanathan/Documents/R/win-library/3.3/Pbase'
* restoring previous 'C:/Users/Viswanathan/Documents/R/win-library/3.3/Pbase'
Error: Command failed (1)
> 

> session_info()
Session info ------------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                                             
 version  R Under development (unstable) (2016-02-25 r70222)
 system   x86_64, mingw32                                   
 ui       RStudio (0.99.484)                                
 language (EN)                                              
 collate  English_United States.1252                        
 tz       America/New_York                                  
 date     2016-03-01                                        

Packages ----------------------------------------------------------------------------------------
 package       * version date       source        
 Biobase         2.31.3  2015-12-22 Bioconductor  
 BiocGenerics    0.17.3  2016-01-29 Bioconductor  
 BiocInstaller   1.21.3  2016-01-21 Bioconductor  
 codetools       0.2-14  2015-07-15 CRAN (R 3.3.0)
 curl            0.9.6   2016-02-17 CRAN (R 3.3.0)
 devtools      * 1.10.0  2016-01-23 CRAN (R 3.3.0)
 digest          0.6.9   2016-01-08 CRAN (R 3.3.0)
 git2r           0.13.1  2015-12-10 CRAN (R 3.3.0)
 httr            1.1.0   2016-01-28 CRAN (R 3.3.0)
 memoise         1.0.0   2016-01-29 CRAN (R 3.3.0)
 mzR             2.5.3   2016-02-25 Bioconductor  
 ProtGenerics    1.3.3   2015-10-20 Bioconductor  
 R6              2.1.2   2016-01-26 CRAN (R 3.3.0)
 Rcpp            0.12.3  2016-01-10 CRAN (R 3.3.0)
 withr           1.0.1   2016-02-04 CRAN (R 3.3.0)
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Fixed - try again now

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Unable to subset pranges(p)

> data(p)
> length(pranges(p))
[1] 9
> lengths(pranges(p))
  A4UGR9   A6H8Y1   O43707   O75369   P00558   P02545   P04075 P04075-2   P60709 
      36       23        6       13        5       12       21       20        1 
> delta <- pcols(p)[, "experimentalMassToCharge"] -
+ pcols(p)[, "calculatedMassToCharge"]
> sel <- abs(delta) < 0.35
> sel
LogicalList of length 9
[["A4UGR9"]] TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE ... TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE
[["A6H8Y1"]] TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE ... TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE
[["O43707"]] TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["O75369"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE
[["P00558"]] FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE
[["P02545"]] FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
[["P04075"]] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE ... TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["P04075-2"]] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE ... TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["P60709"]] TRUE
> pranges(p) <- pranges(p)[sel]
Error in names(object@pranges, names(values)) : 
  2 arguments passed to 'names' which requires 1
> lengths(pranges(p))
  A4UGR9   A6H8Y1   O43707   O75369   P00558   P02545   P04075 P04075-2   P60709 
      36       23        6       13        5       12       21       20        1 
> session_info()
Session info ---------------------------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                                             
 version  R Under development (unstable) (2016-02-25 r70222)
 system   x86_64, mingw32                                   
 ui       RStudio (0.99.484)                                
 language (EN)                                              
 collate  English_United States.1252                        
 tz       America/New_York                                  
 date     2016-03-05                                        

Packages -------------------------------------------------------------------------------------------------------
 package                * version  date       source                                            
 acepack                  1.3-3.3  2014-11-24 CRAN (R 3.3.0)                                    
 affy                     1.49.0   2015-10-14 Bioconductor                                      
 affyio                   1.41.0   2015-10-14 Bioconductor                                      
 AnnotationDbi            1.33.7   2016-01-29 Bioconductor                                      
 AnnotationHub            2.3.14   2016-03-04 Bioconductor                                      
 Biobase                  2.31.3   2015-12-22 Bioconductor                                      
 BiocGenerics           * 0.17.3   2016-01-29 Bioconductor                                      
 BiocInstaller            1.21.3   2016-01-21 Bioconductor                                      
 BiocParallel             1.5.19   2016-03-03 Bioconductor                                      
 biomaRt                  2.27.2   2015-11-24 Bioconductor                                      
 Biostrings               2.39.12  2016-02-21 Bioconductor                                      
 biovizBase               1.19.4   2016-02-22 Bioconductor                                      
 bitops                   1.0-6    2013-08-17 CRAN (R 3.3.0)                                    
 BSgenome                 1.39.4   2016-02-21 Bioconductor                                      
 chron                    2.3-47   2015-06-24 CRAN (R 3.3.0)                                    
 cleaver                  1.9.0    2015-10-14 Bioconductor                                      
 cluster                  2.0.3    2015-07-21 CRAN (R 3.3.0)                                    
 codetools                0.2-14   2015-07-15 CRAN (R 3.3.0)                                    
 colorspace               1.2-6    2015-03-11 CRAN (R 3.3.0)                                    
 curl                     0.9.6    2016-02-17 CRAN (R 3.3.0)                                    
 data.table               1.9.6    2015-09-19 CRAN (R 3.3.0)                                    
 DBI                      0.3.1    2014-09-24 CRAN (R 3.3.0)                                    
 devtools               * 1.10.0   2016-01-23 CRAN (R 3.3.0)                                    
 dichromat                2.0-0    2013-01-24 CRAN (R 3.3.0)                                    
 digest                   0.6.9    2016-01-08 CRAN (R 3.3.0)                                    
 doParallel               1.0.10   2015-10-14 CRAN (R 3.3.0)                                    
 ensembldb                1.3.17   2016-02-22 Bioconductor                                      
 foreach                  1.4.3    2015-10-13 CRAN (R 3.3.0)                                    
 foreign                  0.8-66   2015-08-19 CRAN (R 3.3.0)                                    
 Formula                  1.2-1    2015-04-07 CRAN (R 3.3.0)                                    
 GenomeInfoDb           * 1.7.6    2016-01-29 Bioconductor                                      
 GenomicAlignments        1.7.20   2016-02-25 Bioconductor                                      
 GenomicFeatures          1.23.25  2016-02-25 Bioconductor                                      
 GenomicRanges          * 1.23.23  2016-02-25 Bioconductor                                      
 ggplot2                  2.1.0    2016-03-01 CRAN (R 3.3.0)                                    
 git2r                    0.13.1   2015-12-10 CRAN (R 3.3.0)                                    
 gridExtra                2.2.1    2016-02-29 CRAN (R 3.3.0)                                    
 gtable                   0.2.0    2016-02-26 CRAN (R 3.3.0)                                    
 Gviz                   * 1.15.4   2016-02-18 Bioconductor                                      
 Hmisc                    3.17-2   2016-02-21 CRAN (R 3.3.0)                                    
 htmltools                0.3      2015-12-29 CRAN (R 3.3.0)                                    
 httpuv                   1.3.3    2015-08-04 CRAN (R 3.3.0)                                    
 httr                     1.1.0    2016-01-28 CRAN (R 3.3.0)                                    
 impute                   1.45.0   2015-10-14 Bioconductor                                      
 interactiveDisplayBase   1.9.0    2015-10-14 Bioconductor                                      
 IRanges                * 2.5.39   2016-02-28 Bioconductor                                      
 iterators                1.0.8    2015-10-13 CRAN (R 3.3.0)                                    
 lattice                  0.20-33  2015-07-14 CRAN (R 3.3.0)                                    
 latticeExtra             0.6-28   2016-02-09 CRAN (R 3.3.0)                                    
 limma                    3.27.13  2016-03-02 Bioconductor                                      
 magrittr                 1.5      2014-11-22 CRAN (R 3.3.0)                                    
 MALDIquant               1.14     2015-11-18 CRAN (R 3.3.0)                                    
 matrixStats              0.50.1   2015-12-15 CRAN (R 3.3.0)                                    
 memoise                  1.0.0    2016-01-29 CRAN (R 3.3.0)                                    
 mime                     0.4      2015-09-03 CRAN (R 3.3.0)                                    
 MSnbase                  1.19.11  2016-02-04 Bioconductor                                      
 munsell                  0.4.3    2016-02-13 CRAN (R 3.3.0)                                    
 mzID                     1.9.0    2015-10-14 Bioconductor                                      
 mzR                      2.5.3    2016-02-25 Bioconductor                                      
 nnet                     7.3-12   2016-02-02 CRAN (R 3.3.0)                                    
 Pbase                  * 0.11.3   2016-03-05 Github (ComputationalProteomicsUnit/Pbase@b4c4955)
 pcaMethods               1.63.0   2016-01-17 Bioconductor                                      
 plyr                     1.8.3    2015-06-12 CRAN (R 3.3.0)                                    
 preprocessCore           1.33.0   2015-10-14 Bioconductor                                      
 ProtGenerics             1.3.3    2015-10-20 Bioconductor                                      
 Pviz                     1.5.0    2015-10-14 Bioconductor                                      
 R6                       2.1.2    2016-01-26 CRAN (R 3.3.0)                                    
 RColorBrewer             1.1-2    2014-12-07 CRAN (R 3.3.0)                                    
 Rcpp                   * 0.12.3   2016-01-10 CRAN (R 3.3.0)                                    
 RCurl                    1.95-4.8 2016-03-01 CRAN (R 3.3.0)                                    
 reshape2                 1.4.1    2014-12-06 CRAN (R 3.3.0)                                    
 rpart                    4.1-10   2015-06-29 CRAN (R 3.3.0)                                    
 Rsamtools                1.23.3   2016-01-25 Bioconductor                                      
 RSQLite                  1.0.0    2014-10-25 CRAN (R 3.3.0)                                    
 rtracklayer              1.31.7   2016-02-16 Bioconductor                                      
 S4Vectors              * 0.9.40   2016-02-25 Bioconductor                                      
 scales                   0.4.0    2016-02-26 CRAN (R 3.3.0)                                    
 shiny                    0.13.1   2016-02-17 CRAN (R 3.3.0)                                    
 stringi                  1.0-1    2015-10-22 CRAN (R 3.3.0)                                    
 stringr                  1.0.0    2015-04-30 CRAN (R 3.3.0)                                    
 SummarizedExperiment     1.1.21   2016-02-25 Bioconductor                                      
 survival                 2.38-3   2015-07-02 CRAN (R 3.3.0)                                    
 VariantAnnotation        1.17.18  2016-01-29 Bioconductor                                      
 vsn                      3.39.2   2016-01-06 Bioconductor                                      
 withr                    1.0.1    2016-02-04 CRAN (R 3.3.0)                                    
 XML                      3.98-1.4 2016-03-01 CRAN (R 3.3.0)                                    
 xtable                   1.8-2    2016-02-05 CRAN (R 3.3.0)                                    
 XVector                  0.11.7   2016-02-13 Bioconductor                                      
 zlibbioc                 1.17.0   2015-10-14 Bioconductor

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Here we go again. There will be more changes in the coming days, so better (for now) use a specific commit.

install_github("ComputationalProteomicsUnit/Pbase",
               ref = "#6eb74a307f8cc6705df3b758bb74ec691689f1f0")

Once all tests have been added, I will commit to Bioc.

EDIT: please now rather use the official version 0.11.3 from Bioconductor.

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I have just pushed to Bioconductor - version 0.11.3 (devel) that contains pranges<- and acols<- replacement methods should become available in about 24 hours.

 

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It works for the example data set,but not for my dataset. I get the following error. 

Error in replacePranges(object, value) : 
  Names of replacement pranges differ from current ones.

> library("Pbase")
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel

Attaching package: ‘BiocGenerics’

The following objects are masked from ‘package:parallel’:

    clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport,
    clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply,
    parSapply, parSapplyLB

The following objects are masked from ‘package:stats’:

    IQR, mad, xtabs

The following objects are masked from ‘package:base’:

    anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call, duplicated,
    eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply,
    lengths, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin,
    pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rownames, sapply, setdiff, sort,
    table, tapply, union, unique, unsplit

Loading required package: Rcpp
Loading required package: Gviz
Loading required package: S4Vectors
Loading required package: stats4

Attaching package: ‘S4Vectors’

The following object is masked from ‘package:base’:

    expand.grid

Loading required package: IRanges
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: grid

This is Pbase version 0.11.3

> setwd("D:/Proteins_DB")
> p <- readRDS("p.test.Ptn")
> p
S4 class type     : Proteins
Class version     : 0.1
Created           : Tue Feb  9 14:26:29 2016
Number of Proteins: 10
Sequences:
  [1] Q9Z2K1 [2] Q3SYP5 ... [9] D3Z765 [10] Q61781
Sequence features:
  [1] DB [2] AccessionNumber ... [11] Filename [12] npeps
Peptide features:
  [1] DB [2] AccessionNumber ... [27] acquisitionNum [28] filenames
> aa(p)
  A AAStringSet instance of length 10
     width seq                                                          names               
 [1]   469 MATCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGSSRMSS...SSSRQPRSILKEQGSTSFSQSQSQSSRD Q9Z2K1
 [2]   469 MATCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGSSRMSS...SSSRQPRSILKEQGSTSFSQSQSQSSRD Q3SYP5
 [3]  2703 MYNGIGLPTPRGSGTNGYVQRNLSLVRGR...RGDSHSPGHKRKETPSPRSNRHRSSRSP Q8BTI8
 [4]   432 MISAAQLLDELMGRDRNLAPDEKRSNVRW...PESKESDTKNEVNGTSEDIKSEGDTQSN Q5SUF2
 [5]   707 MSCQISCRSRRGGGGGGGGGFRGFSSGSA...SGGAGSSSEKGGSGSGEGCGSGVTFSFR Q3TTY5
 [6]  1505 MADRFSRFNEDRDFQGNHFDQYEEGHLEI...AATALHLHPLLHPIFSGQDLQHPPSHGT A2A6A1
 [7]   371 MSAQAQMRALLDQLMGTARDGDETRQRVK...RGPTDWRLENSNGKTASRRSEEKEAGEI Q9CYI4
 [8]   325 MSAQAQMRALLDQLMGTARDGDETRQRVK...RYRRHRSRSRSHSRGHRRASRDRSTKYK A0A0R4J047
 [9]   172 MDHLESFIAECDRRTELAKKRLAETQEEI...TVAEKQEKRNQDRLRRREEREREERLGR D3Z765
[10]   484 MATCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGSSRMSS...NRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN Q61781
> acols(p)
DataFrame with 10 rows and 12 columns
      DB AccessionNumber        EntryName IsoformName
   <Rle>     <character>      <character>       <Rle>
1     sp          Q9Z2K1      K1C16_MOUSE          NA
2     tr          Q3SYP5     Q3SYP5_MOUSE          NA
3     sp          Q8BTI8      SRRM2_MOUSE          NA
4     sp          Q5SUF2      LC7L3_MOUSE          NA
5     sp          Q3TTY5       K22E_MOUSE          NA
6     sp          A2A6A1      GPTC8_MOUSE          NA
7     sp          Q9CYI4      LUC7L_MOUSE          NA
8     tr      A0A0R4J047 A0A0R4J047_MOUSE          NA
9     tr          D3Z765     D3Z765_MOUSE          NA
10    sp          Q61781      K1C14_MOUSE          NA
                                           ProteinName OrganismName GeneName
                                           <character>        <Rle>    <Rle>
1                      Keratin, type I cytoskeletal 16 Mus musculus    Krt16
2                                           Keratin 16 Mus musculus    Krt16
3          Serine/arginine repetitive matrix protein 2 Mus musculus    Srrm2
4                                  Luc7-like protein 3 Mus musculus   Luc7l3
5            Keratin, type II cytoskeletal 2 epidermal Mus musculus     Krt2
6                  G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
7             Putative RNA-binding protein Luc7-like 1 Mus musculus    Luc7l
8     Luc7 homolog (S. cerevisiae)-like, isoform CRA_c Mus musculus    Luc7l
9  Putative RNA-binding protein Luc7-like 1 (Fragment) Mus musculus    Luc7l
10                     Keratin, type I cytoskeletal 14 Mus musculus    Krt14
            ProteinExistence SequenceVersion Comment                             Filename
                       <Rle>           <Rle>   <Rle>                                <Rle>
1  Evidence at protein level               3      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
2  Evidence at protein level               1      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
3  Evidence at protein level               3      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
4  Evidence at protein level               1      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
5  Evidence at protein level               1      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
6  Evidence at protein level               1      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
7  Evidence at protein level               2      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
8                  Predicted               1      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
9  Evidence at protein level               1      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
10 Evidence at protein level               2      NA ~/Pbase/uniprot_proteome_mouse.fasta
       npeps
   <integer>
1         10
2         10
3          2
4          7
5          7
6          7
7          2
8          2
9          2
10        10
> pcols(p)
SplitDataFrameList of length 10
$A0A0R4J047
DataFrame with 2 rows and 28 columns
     DB AccessionNumber        EntryName IsoformName
  <Rle>     <character>      <character>       <Rle>
1    tr      A0A0R4J047 A0A0R4J047_MOUSE          NA
2    tr      A0A0R4J047 A0A0R4J047_MOUSE          NA
                                                                      ProteinName
                                                                      <character>
1 tr|A0A0R4J047|A0A0R4J047_MOUSE Luc7 homolog (S. cerevisiae)-like, isoform CRA_c
2 tr|A0A0R4J047|A0A0R4J047_MOUSE Luc7 homolog (S. cerevisiae)-like, isoform CRA_c
  OrganismName GeneName ProteinExistence SequenceVersion Comment
         <Rle>    <Rle>            <Rle>           <Rle>   <Rle>
1 Mus musculus    Luc7l        Predicted               1      NA
2 Mus musculus    Luc7l        Predicted               1      NA
                                     spectrumID chargeState      rank passThreshold
                                       <factor>   <integer> <integer>     <logical>
1 controllerType=0 controllerNumber=1 scan=4303           2         1          TRUE
2 controllerType=0 controllerNumber=1 scan=4213           2         1          TRUE
  experimentalMassToCharge calculatedMassToCharge        sequence    modNum   isDecoy
                 <numeric>              <numeric>        <factor> <integer> <logical>
1                 791.8651               791.3703 AEQLGAEGNVDESQK         2     FALSE
2                 791.8632               791.3703 AEQLGAEGNVDESQK         2     FALSE
      post      pre     start       end                 DatabaseAccess DBseqLength
  <factor> <factor> <integer> <integer>                       <factor>   <integer>
1        I        K       140       154 tr|A0A0R4J047|A0A0R4J047_MOUSE         325
2        I        K       140       154 tr|A0A0R4J047|A0A0R4J047_MOUSE         325
  DatabaseSeq acquisitionNum filenames
     <factor>      <numeric>     <Rle>
1                       4303  120.mzid
2                       4213  120.mzid

$A2A6A1
DataFrame with 7 rows and 28 columns
     DB AccessionNumber   EntryName IsoformName
  <Rle>     <character> <character>       <Rle>
1    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
2    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
3    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
4    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
5    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
6    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
7    sp          A2A6A1 GPTC8_MOUSE          NA
                                                ProteinName OrganismName GeneName
                                                <character>        <Rle>    <Rle>
1 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
2 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
3 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
4 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
5 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
6 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
7 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE G patch domain-containing protein 8 Mus musculus  Gpatch8
           ProteinExistence SequenceVersion Comment
                      <Rle>           <Rle>   <Rle>
1 Evidence at protein level               1      NA
2 Evidence at protein level               1      NA
3 Evidence at protein level               1      NA
4 Evidence at protein level               1      NA
5 Evidence at protein level               1      NA
6 Evidence at protein level               1      NA
7 Evidence at protein level               1      NA
                                     spectrumID chargeState      rank passThreshold
                                       <factor>   <integer> <integer>     <logical>
1 controllerType=0 controllerNumber=1 scan=3694           3         2          TRUE
2  controllerType=0 controllerNumber=1 scan=364           2         1          TRUE
3  controllerType=0 controllerNumber=1 scan=364           2         2          TRUE
4  controllerType=0 controllerNumber=1 scan=364           2         3          TRUE
5  controllerType=0 controllerNumber=1 scan=364           2         4          TRUE
6  controllerType=0 controllerNumber=1 scan=364           2         5          TRUE
7  controllerType=0 controllerNumber=1 scan=364           2         6          TRUE
  experimentalMassToCharge calculatedMassToCharge             sequence    modNum   isDecoy
                 <numeric>              <numeric>             <factor> <integer> <logical>
1                 801.3566               801.0378 RHSKRSHDSDDSDYTSSKHR         0     FALSE
2                 972.6678               972.1609      KKKHKKSSKHKRKHK         5     FALSE
3                 972.6678               972.1609      KKKHKKSSKHKRKHK         5     FALSE
4                 972.6678               972.1609      KKKHKKSSKHKRKHK         5     FALSE
5                 972.6678               972.1609      KKKHKKSSKHKRKHK         5     FALSE
6                 972.6678               972.1609      KKKHKKSSKHKRKHK         5     FALSE
7                 972.6678               972.1609      KKKHKKSSKHKRKHK         5     FALSE
      post      pre     start       end        DatabaseAccess DBseqLength DatabaseSeq
  <factor> <factor> <integer> <integer>              <factor>   <integer>    <factor>
1        S        R       907       926 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
2        A        K       673       687 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
3        A        K       673       687 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
4        A        K       673       687 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
5        A        K       673       687 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
6        A        K       673       687 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
7        A        K       673       687 sp|A2A6A1|GPTC8_MOUSE        1505            
  acquisitionNum filenames
       <numeric>     <Rle>
1           3694  120.mzid
2            364  120.mzid
3            364  120.mzid
4            364  120.mzid
5            364  120.mzid
6            364  120.mzid
7            364  120.mzid

$D3Z765
DataFrame with 2 rows and 28 columns
     DB AccessionNumber    EntryName IsoformName
  <Rle>     <character>  <character>       <Rle>
1    tr          D3Z765 D3Z765_MOUSE          NA
2    tr          D3Z765 D3Z765_MOUSE          NA
                                                                 ProteinName OrganismName
                                                                 <character>        <Rle>
1 tr|D3Z765|D3Z765_MOUSE Putative RNA-binding protein Luc7-like 1 (Fragment) Mus musculus
2 tr|D3Z765|D3Z765_MOUSE Putative RNA-binding protein Luc7-like 1 (Fragment) Mus musculus
  GeneName          ProteinExistence SequenceVersion Comment
     <Rle>                     <Rle>           <Rle>   <Rle>
1    Luc7l Evidence at protein level               1      NA
2    Luc7l Evidence at protein level               1      NA
                                     spectrumID chargeState      rank passThreshold
                                       <factor>   <integer> <integer>     <logical>
1 controllerType=0 controllerNumber=1 scan=4303           2         1          TRUE
2 controllerType=0 controllerNumber=1 scan=4213           2         1          TRUE
  experimentalMassToCharge calculatedMassToCharge        sequence    modNum   isDecoy
                 <numeric>              <numeric>        <factor> <integer> <logical>
1                 791.8651               791.3703 AEQLGAEGNVDESQK         2     FALSE
2                 791.8632               791.3703 AEQLGAEGNVDESQK         2     FALSE
      post      pre     start       end         DatabaseAccess DBseqLength DatabaseSeq
  <factor> <factor> <integer> <integer>               <factor>   <integer>    <factor>
1        I        K        54        68 tr|D3Z765|D3Z765_MOUSE         172            
2        I        K        54        68 tr|D3Z765|D3Z765_MOUSE         172            
  acquisitionNum filenames
       <numeric>     <Rle>
1           4303  120.mzid
2           4213  120.mzid

...
<7 more elements>
> pfeatures(p)
AAStringSetList of length 10
[["Q9Z2K1"]] Q9Z2K1=ASLENSLEETK Q9Z2K1=ASLENSLEETK ... Q9Z2K1=LAADDFR Q9Z2K1=LAADDFR
[["Q3SYP5"]] Q3SYP5=ASLENSLEETK Q3SYP5=ASLENSLEETK ... Q3SYP5=LAADDFR Q3SYP5=LAADDFR
[["Q8BTI8"]] Q8BTI8=PGPQALPK Q8BTI8=SGSSPEMKDKPR
[["Q5SUF2"]] Q5SUF2=KSYKHRSKSRDREQDRK Q5SUF2=KSYKHRSKSRDREQDRK ... Q5SUF2=MISAAQLLD
[["Q3TTY5"]] Q3TTY5=DYQELMNTK Q3TTY5=DYQELMNTK ... Q3TTY5=FASFIDK Q3TTY5=FASFIDK
[["A2A6A1"]] A2A6A1=RHSKRSHDSDDSDYTSSKHR A2A6A1=KKKHKKSSKHKRKHK ... A2A6A1=KKKHKKSSKHKRKHK
[["Q9CYI4"]] Q9CYI4=AEQLGAEGNVDESQK Q9CYI4=AEQLGAEGNVDESQK
[["A0A0R4J047"]] A0A0R4J047=AEQLGAEGNVDESQK A0A0R4J047=AEQLGAEGNVDESQK
[["D3Z765"]] D3Z765=AEQLGAEGNVDESQK D3Z765=AEQLGAEGNVDESQK
[["Q61781"]] Q61781=EVATNSELVQSGK Q61781=VTMQNLNDR ... Q61781=LAADDFR Q61781=LAADDFR
> lengths(pranges(p))
    Q9Z2K1     Q3SYP5     Q8BTI8     Q5SUF2     Q3TTY5     A2A6A1     Q9CYI4 A0A0R4J047 
        10         10          2          7          7          7          2          2 
    D3Z765     Q61781 
         2         10 
> delta <- pcols(p)[, "experimentalMassToCharge"] -
+   pcols(p)[, "calculatedMassToCharge"]
> ## assuming MSnID suggested a delta of 0.35
> sel <- abs(delta) < 0.35
> sel
LogicalList of length 10
[["A0A0R4J047"]] FALSE FALSE
[["A2A6A1"]] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[["D3Z765"]] FALSE FALSE
[["Q3SYP5"]] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["Q3TTY5"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["Q5SUF2"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE
[["Q61781"]] TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["Q8BTI8"]] FALSE TRUE
[["Q9CYI4"]] FALSE FALSE
[["Q9Z2K1"]] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
> pranges(p) <- pranges(p)[sel]
Error in replacePranges(object, value) : 
  Names of replacement pranges differ from current ones.

> targets <- pcols(p)[,"isDecoy"]==FALSE
> targets
LogicalList of length 10
[["A0A0R4J047"]] TRUE TRUE
[["A2A6A1"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["D3Z765"]] TRUE TRUE
[["Q3SYP5"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["Q3TTY5"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["Q5SUF2"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE
[["Q61781"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
[["Q8BTI8"]] TRUE TRUE
[["Q9CYI4"]] TRUE TRUE
[["Q9Z2K1"]] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
> lengths(pranges(p))
    Q9Z2K1     Q3SYP5     Q8BTI8     Q5SUF2     Q3TTY5     A2A6A1     Q9CYI4 A0A0R4J047 
        10         10          2          7          7          7          2          2 
    D3Z765     Q61781 
         2         10 
> pranges(p) <- pranges(p)[targets]
Error in replacePranges(object, value) : 
  Names of replacement pranges differ from current ones


> sessionInfo()
R Under development (unstable) (2016-02-25 r70222)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
 [1] grid      stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets 
 [9] methods   base     

other attached packages:
[1] Pbase_0.11.3          Gviz_1.15.4           GenomicRanges_1.23.24 GenomeInfoDb_1.7.6   
[5] IRanges_2.5.39        S4Vectors_0.9.41      Rcpp_0.12.3           BiocGenerics_0.17.3  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Biobase_2.31.3               httr_1.1.0                   vsn_3.39.2                  
 [4] AnnotationHub_2.3.14         splines_3.3.0                foreach_1.4.3               
 [7] Formula_1.2-1                shiny_0.13.1                 interactiveDisplayBase_1.9.0
[10] affy_1.49.0                  latticeExtra_0.6-28          BSgenome_1.39.4             
[13] Rsamtools_1.23.3             impute_1.45.0                RSQLite_1.0.0               
[16] lattice_0.20-33              biovizBase_1.19.4            limma_3.27.13               
[19] chron_2.3-47                 digest_0.6.9                 RColorBrewer_1.1-2          
[22] XVector_0.11.7               colorspace_1.2-6             preprocessCore_1.33.0       
[25] htmltools_0.3                httpuv_1.3.3                 plyr_1.8.3                  
[28] MALDIquant_1.14              XML_3.98-1.4                 biomaRt_2.27.2              
[31] zlibbioc_1.17.0              xtable_1.8-2                 scales_0.4.0                
[34] affyio_1.41.0                cleaver_1.9.0                BiocParallel_1.5.19         
[37] ggplot2_2.1.0                SummarizedExperiment_1.1.21  GenomicFeatures_1.23.25     
[40] nnet_7.3-12                  survival_2.38-3              magrittr_1.5                
[43] mime_0.4                     doParallel_1.0.10            foreign_0.8-66              
[46] mzR_2.5.3                    Pviz_1.5.0                   BiocInstaller_1.21.3        
[49] tools_3.3.0                  data.table_1.9.6             matrixStats_0.50.1          
[52] stringr_1.0.0                MSnbase_1.19.11              munsell_0.4.3               
[55] cluster_2.0.3                AnnotationDbi_1.33.7         ensembldb_1.3.17            
[58] Biostrings_2.39.12           pcaMethods_1.63.0            mzID_1.9.0                  
[61] RCurl_1.95-4.8               dichromat_2.0-0              iterators_1.0.8             
[64] VariantAnnotation_1.17.18    bitops_1.0-6                 gtable_0.2.0                
[67] codetools_0.2-14             DBI_0.3.1                    reshape2_1.4.1              
[70] R6_2.1.2                     GenomicAlignments_1.7.20     gridExtra_2.2.1             
[73] rtracklayer_1.31.7           Hmisc_3.17-2                 ProtGenerics_1.3.3          
[76] stringi_1.0-1                rpart_4.1-10                 acepack_1.3-3.3             
> 

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The error is correct. That happens because your `aa` slot is not in alphabetical order. Maybe that's a bug. Could you send me the fasta and the mzID file?

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You are correct I reconstruced the database. It is workingnow. Thanks a lot.I will keep you updated..

Thanks

 

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> Sure...the fasta file is mouse uniprotproteome(~50,000 entries).
Ok, I can download it myself. I assume this one: http://www.uniprot.org/proteomes/UP000000589
> The mzid file is 50 MB. I was testing the the first 10 entries in the Proteins database. How shouldI send then to you.
Can you upload it somewhere (your university?, dropbox, google drive, https://www.wetransfer.com/, or whatever) and send me the link via email (find my email address via packageDescription("Pbase")$Maintainer in R).
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Its working now..

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