Plotting per base coverage from genomecoveragebed utility
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gv ▴ 40
@gv-6516
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United States
HI Everyone, I have a 3 coiumn tab delimited file(See attached). I want to draw a histogram for this file where my x axis should have nucleotide position(column 2) and y axis should represent the read counts(3rd column) at that nucleotide position. Also I want to additionally add to the graph domain locations(see attached graph). How can i do that. I am beginner in R and bioconductor. Domain location = 715-777 (pink boxes in the graph) Thanks -------------- next part -------------- f11r 1 0 f11r 2 1 f11r 3 2 f11r 4 2 f11r 5 2 f11r 6 2 f11r 7 2 f11r 8 2 f11r 9 2 f11r 10 2 f11r 11 2 f11r 12 2 f11r 13 3 f11r 14 3 f11r 15 4 f11r 16 4 f11r 17 4 f11r 18 4 f11r 19 4 f11r 20 4 f11r 21 4 f11r 22 4 f11r 23 4 f11r 24 4 f11r 25 4 f11r 26 4 f11r 27 4 f11r 28 4 f11r 29 4 f11r 30 4 f11r 31 3 f11r 32 4 f11r 33 4 f11r 34 3 f11r 35 3 f11r 36 4 f11r 37 4 f11r 38 5 f11r 39 5 f11r 40 5 f11r 41 5 f11r 42 6 f11r 43 6 f11r 44 8 f11r 45 8 f11r 46 7 f11r 47 8 f11r 48 8 f11r 49 9 f11r 50 10 f11r 51 11 f11r 52 12 f11r 53 13 f11r 54 14 f11r 55 14 f11r 56 14 f11r 57 15 f11r 58 15 f11r 59 15 f11r 60 16 f11r 61 16 f11r 62 16 f11r 63 16 f11r 64 16 f11r 65 17 f11r 66 17 f11r 67 17 f11r 68 18 f11r 69 19 f11r 70 18 f11r 71 19 f11r 72 20 f11r 73 20 f11r 74 19 f11r 75 19 f11r 76 19 f11r 77 20 f11r 78 20 f11r 79 19 f11r 80 16 f11r 81 16 f11r 82 16 f11r 83 17 f11r 84 16 f11r 85 15 f11r 86 16 f11r 87 16 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