Entering edit mode
emilie sohier
▴
60
@emilie-sohier-4120
Last seen 10.4 years ago
Hello, i am a French bioinformatics student.
I want to use the crlmm package to make the copy number,for this i use
the function
>gensnp=genotype(file.path("SNP6",filessnp),cdfName="genomewidesnp6",c
opynumber=TRUE)
>cnSet=crlmmCopynumber(gensnp2[[1]])
>cn=copyNumber(cnSet)
But i have the result
>cn
SNP_A-1989634 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA
SNP_A-1989647 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA
SNP_A-1989659 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA
SNP_A-4266322 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA
SNP_A-1989663 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA
SNP_A-1989664 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA NA
I don't know why.
Thanks for your help.