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Ana Conesa
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@ana-conesa-2156
Last seen 10.2 years ago
Dear Jeremy
My apologies for the late response.
First of all: maSigPro compares profiles. This means that you must
have
overlapping time points, not necessarily the same time points, but
overlapping at least. This means that if you have a group with only
one time
point, you cannot do much with this. For the other 2 groups you can
compare
only the segment corresponding to time points 0 and 5. You can add the
rest
of the time points of the last group, but this will not be compared.
In you case I would do the following:
- Compare groups 2 and 3 considering time points 0 and 5 and using
degree = 1
- Compare all groups only at time point 0 using limma
- Study the profiles changes ONLY for group 3 using a degree = 2 or 3
(if you
do not have replicates, surely not more than 2)
This, of course if this analysis makes sense for your data, but I
guess that
if you designed it like this, your questions could be answered with
these
analyzes.
Could it be?
Hope this answer your question. If not, come back to me..
Best regards
Ana
On Monday 09 November 2009 19:30:58 you wrote:
> Hi dear Ana,
>
> Please see my question below. I posted this last week on the BioC
list
> but did not get any answer. I would appreciate if you show me a path
> here.
> I am sorry for emailing you directly. Thought I should as no body is
> replying to this question.
>
>
> ---------- Forwarded message ----------
> From: jeremy wilson <jeremy.wilson88 at="" gmail.com="">
> Date: Thu, Nov 5, 2009 at 11:05 AM
> Subject: maSigPro - NA values for coefficient estimates - Is a
> polynomical fit recommended for my data?
> To: bioconductor at stat.math.ethz.ch
>
>
> Dear BioConductors,
>
> I have unbalanced number of time points in my experiment. In 3
groups
> I have, one group has only observations at one time point (time 0),
> the other at two time points (times 0, 5) and the last group with
four
> time points(0, 5, 12, 31). I am wondering if I can use maSigPro for
> this type of data. In this case, what order of polynomial fit is
good?
> Do you recommend to use degree = 1 ?to reduce the degree of the
model
> as the best model is the one with the least order? or is it good to
> model with degree = 3? I have 4 time points in one group.
>
> Is it better to do this kind of unbalanced time points data with
> LIMMA? There are many comparisons to consider if I use LIMMA. What
do
> you suggest to use?
>
> I did fit a degree = 3 polynomial model and got NA values. The NA
> values appeared as below. There were no NA values for the remaining
> coefficients. Are these due to no values for some experimental
groups
> at some time points? Can I ignore these warnings?
>
> Here are my commands and warnings I got..
> design.init<-read.table("maSigPro_PhenotypeInput.txt", sep="\t",
> header=TRUE, row.names=1)
>
> > design<-make.design.matrix(design.init, deg=3) # Create a maSigPro
design
> > matrix
> >
> > design
>
> $dis
> ? ? ? ? ? ? ? ? VehiclevsNaive BCGvsNaive Time TimexVehicle TimexBCG
> Time2 Time2xVehicle Time2xBCG Time3 Time3xVehicle Time3xBCG
> Veh Day0 A2.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 A4.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 A5.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day12 A1.CEL ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ?0 ? 12 ? ? ? ? ? 12 ? ? ?
?0
> ?144 ? ? ? ? ? 144 ? ? ? ? 0 ?1728 ? ? ? ? ?1728 ? ? ? ? 0
> Veh Day12 A3.CEL ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ?0 ? 12 ? ? ? ? ? 12 ? ? ?
?0
> ?144 ? ? ? ? ? 144 ? ? ? ? 0 ?1728 ? ? ? ? ?1728 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 B1.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 B3.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 B4.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day12 B2.CEL ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ?0 ? 12 ? ? ? ? ? 12 ? ? ?
?0
> ?144 ? ? ? ? ? 144 ? ? ? ? 0 ?1728 ? ? ? ? ?1728 ? ? ? ? 0
> Veh Day12 B3.CEL ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ?0 ? 12 ? ? ? ? ? 12 ? ? ?
?0
> ?144 ? ? ? ? ? 144 ? ? ? ? 0 ?1728 ? ? ? ? ?1728 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 C1.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 C3.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 C4.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day0 C5.CEL ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Veh Day12 C1.CEL ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ?0 ? 12 ? ? ? ? ? 12 ? ? ?
?0
> ?144 ? ? ? ? ? 144 ? ? ? ? 0 ?1728 ? ? ? ? ?1728 ? ? ? ? 0
> Veh Day12 C3.CEL ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ?0 ? 12 ? ? ? ? ? 12 ? ? ?
?0
> ?144 ? ? ? ? ? 144 ? ? ? ? 0 ?1728 ? ? ? ? ?1728 ? ? ? ? 0
> Day 0 A1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 A2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 A3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 5 A1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 5 A2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 5 A3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 12 A1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 12 A2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 12 A3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 31 A1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 31 A2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 31 A3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 0 B1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 B2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 B3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 5 B1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 5 B2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 5 B3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 12 B1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 12 B2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 12 B3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 31 B1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 31 B2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 31 B3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 0 C1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 C2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 C3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 0 C4.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Day 5 C1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 5 C2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 5 C3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?1 ? ?5 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?5
> ?25 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ?25 ? 125 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 125
> Day 12 C1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 12 C2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 12 C3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 12 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
12
> ?144 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 144 ?1728 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ?1728
> Day 31 C1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 31 C2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Day 31 C3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? ?1 ? 31 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
31
> ?961 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? 961 29791 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? 29791
> Naive A1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Naive A2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Naive B1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Naive B2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Naive C1.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Naive C2.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
> Naive C3.CEL ? ? ? ? ? ? ? ? ?0 ? ? ? ? ?0 ? ?0 ? ? ? ? ? ?0 ? ? ?
?0
> ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0 ? ? 0 ? ? ? ? ? ? 0 ? ? ? ? 0
>
> $groups.vector
> ?[1] "VehiclevsNaive" "BCGvsNaive" ? ? "Naive"
> "VehiclevsNaive" "BCGvsNaive" ? ? "Naive" ? ? ? ? ?"VehiclevsNaive"
> "BCGvsNaive"
> ?[9] "Naive" ? ? ? ? ?"VehiclevsNaive" "BCGvsNaive"
>
> $edesign
> ? ? ? ? ? ? ? ? Time Replicate Naive Vehicle BCG
> Veh Day0 A2.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 1 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 A4.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 1 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 A5.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 1 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day12 A1.CEL ? 12 ? ? ? ? 2 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day12 A3.CEL ? 12 ? ? ? ? 2 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 B1.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 3 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 B3.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 3 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 B4.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 3 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day12 B2.CEL ? 12 ? ? ? ? 4 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day12 B3.CEL ? 12 ? ? ? ? 4 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 C1.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 5 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 C3.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 5 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 C4.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 5 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day0 C5.CEL ? ? 0 ? ? ? ? 5 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day12 C1.CEL ? 12 ? ? ? ? 6 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Veh Day12 C3.CEL ? 12 ? ? ? ? 6 ? ? 0 ? ? ? 1 ? 0
> Day 0 A1.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ? 7 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 A2.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ? 7 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 A3.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ? 7 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 A1.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ? 8 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 A2.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ? 8 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 A3.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ? 8 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 A1.CEL ? ? ?12 ? ? ? ? 9 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 A2.CEL ? ? ?12 ? ? ? ? 9 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 A3.CEL ? ? ?12 ? ? ? ? 9 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 A1.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?10 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 A2.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?10 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 A3.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?10 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 B1.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?11 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 B2.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?11 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 B3.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?11 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 B1.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ?12 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 B2.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ?12 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 B3.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ?12 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 B1.CEL ? ? ?12 ? ? ? ?13 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 B2.CEL ? ? ?12 ? ? ? ?13 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 B3.CEL ? ? ?12 ? ? ? ?13 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 B1.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?14 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 B2.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?14 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 B3.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?14 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 C1.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?15 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 C2.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?15 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 C3.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?15 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 0 C4.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?15 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 C1.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ?16 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 C2.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ?16 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 5 C3.CEL ? ? ? ?5 ? ? ? ?16 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 C1.CEL ? ? ?12 ? ? ? ?17 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 C2.CEL ? ? ?12 ? ? ? ?17 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 12 C3.CEL ? ? ?12 ? ? ? ?17 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 C1.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?18 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 C2.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?18 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Day 31 C3.CEL ? ? ?31 ? ? ? ?18 ? ? 0 ? ? ? 0 ? 1
> Naive A1.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?19 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
> Naive A2.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?19 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
> Naive B1.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?20 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
> Naive B2.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?20 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
> Naive C1.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?21 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
> Naive C2.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?21 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
> Naive C3.CEL ? ? ? ?0 ? ? ? ?21 ? ? 1 ? ? ? 0 ? 0
>
> > fit <- p.vector(efiltered.mat, design, Q = 0.05, MT.adjust =
"BH",min.obs
> > = 20) tstep <- T.fit(fit, step.method = "two.ways.backward", alfa
= 0.05)
>
> I got the following warnings after the above step
> warnings:
> 1: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, ?... :
> ?NAs introduced by coercion
> 2: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, ?... :
> ?NAs introduced by coercion
>
> >sigs <- get.siggenes(tstep, rsq = 0.6, vars = "groups")
> > see.genes(sigs$sig.genes$BCGvsNaive, main = "BCGvsNaive", show.fit
=
> > T,dis =design$dis, cluster.method="kmeans" ,cluster.data = 1, k =
9)
>
> Warning messages:
> 1: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, p.valor)))
:
> ?NAs introduced by coercion
> 2: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, p.valor)))
:
> ?NAs introduced by coercion
>
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?betaTimexBCG ? ? betaTime2 betaTime2xVehicle
> betaTime2xBCG ? ? betaTime3
> AB002558_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -1.824498e-05
> AF001953_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0114056076 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -2.616775e-04
> AF067795_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0011159473 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -3.539580e-05
> D13120_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0011509775 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> E01534cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0029700508 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?8.818569e-05
> L24896_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0164766816 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?3.728959e-04
> M20156_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0011509235 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> M25638_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0137020816 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -3.174337e-04
> M58404_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0123769559 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?2.928362e-04
> M60921_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -1.465997e-05
> M91652complete_seq_at ? ? ? ? ? NA -0.0020565596 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> M94918mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0256353952 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?6.500460e-04
> M94919mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?3.851441e-05
> rc_AA859783_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0009030979 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AA875171_g_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0007324529 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AA891171_s_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0010095092 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AA891727_g_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0047867258 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?1.441130e-04
> rc_AA892123_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0038206649 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?1.165693e-04
> rc_AA892248_g_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AA893246_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0010566522 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AA924772_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0008263709 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AA944324_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0013202929 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AI007824_g_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AI013194_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AI102044_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AI104544_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0019113263 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AI170268_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0012527673 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> rc_AI176662_s_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0036907561 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -1.149829e-04
> rc_AI179576_s_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0275651514 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?6.926836e-04
> rc_AI235364_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0028867693 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?8.997026e-05
> rc_AI237836_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> S68135_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0064503716 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -1.943265e-04
> S74351_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0066852568 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -2.153613e-04
> U02553cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -2.903164e-05
> U12568_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0012220408 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> U19866_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0010647292 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> U39875_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0007813637 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> U84727_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0104752791 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -2.460059e-04
> X03347cds_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0022984842 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -7.116160e-05
> X54510_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?2.572912e-05
> X56325mRNA_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0214234307 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?5.057676e-04
> X58389cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0034907821 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?1.055627e-04
> X63375exon_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0132059943 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA -3.082255e-04
> X66369_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0014723516 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> X94242_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
> ? ? ? ?NA ?0.000000e+00
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?betaTime3xVehicle betaTime3xBCG
> AB002558_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> AF001953_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> AF067795_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> D13120_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> E01534cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> L24896_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M20156_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M25638_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M58404_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M60921_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M91652complete_seq_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M94918mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> M94919mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA859783_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA875171_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA891171_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA891727_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA892123_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA892248_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA893246_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA924772_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AA944324_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI007824_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI013194_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI102044_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI104544_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI170268_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI176662_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI179576_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI235364_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> rc_AI237836_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> S68135_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> S74351_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> U02553cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> U12568_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> U19866_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> U39875_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> U84727_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> X03347cds_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> X54510_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> X56325mRNA_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> X58389cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
> X63375exon_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> X66369_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
> X94242_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
>
>
> The following coefficients had no "NA" values.
> tstep$coefficients$beta0
> tstep$coefficients$betaVehiclevsNaive
> tstep$coefficients$betaBCGvsNaive
> tstep$coefficients$betaTime ? ? ? ? ?
tstep$coefficients$betaTimexVehicle
>
> > sessionInfo()
>
> R version 2.10.0 (2009-10-26)
> i386-pc-mingw32
>
> locale:
> [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 ?LC_CTYPE=English_United
> States.1252
> [3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C
> [5] LC_TIME=English_United States.1252
>
> attached base packages:
> [1] tcltk ? ? stats ? ? graphics ?grDevices utils ? ? datasets
> methods ? base
>
> other attached packages:
> ?[1] maSigPro_1.17.5 ? ? ? ? ? DynDoc_1.23.1
> widgetTools_1.23.1 ? ? ? ?genefilter_1.26.4
> ?[5] arrayQualityMetrics_2.4.1 affyPLM_1.22.0
> preprocessCore_1.7.9 ? ? ?gcrma_2.17.4
> ?[9] rgu34acdf_2.5.0 ? ? ? ? ? affy_1.23.12 ? ? ? ? ? ?
?Biobase_2.5.8
>
> loaded via a namespace (and not attached):
> ?[1] affyio_1.13.5 ? ? ? ?annotate_1.23.4 ? ? ?AnnotationDbi_1.7.20
> beadarray_1.13.9
> ?[5] Biostrings_2.13.54 ? DBI_0.2-4 ? ? ? ? ? ?grid_2.10.0
> hwriter_1.1
> ?[9] IRanges_1.3.99 ? ? ? KernSmooth_2.23-3 ? ?lattice_0.17-26
> latticeExtra_0.6-3
> [13] limma_3.0.3 ? ? ? ? ?marray_1.23.0 ? ? ? ?Mfuzz_2.3.4
> RColorBrewer_1.0-2
> [17] RSQLite_0.7-3 ? ? ? ?simpleaffy_2.21.3 ? ?splines_2.10.0
> stats4_2.10.0
> [21] survival_2.35-7 ? ? ?tkWidgets_1.23.2 ? ? tools_2.10.0
> vsn_3.13.7
> [25] xtable_1.5-5
>
>
> I would really appreciate for any suggestions. Thanks in advance..
--
Ana Conesa
Bioinformatics and Genomics Department
Centro de Investigaciones Principe Felipe
Avda. Autopista Saler 16,
46012 Valencia, Spain
Phone: +34 96 328 96 80
Fax: +34 96 328 97 01
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FUNCTIONAL ANNOTATION AND DATA MINING
Valencia/Orlando, September/October 2009
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