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jeremy wilson
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@jeremy-wilson-3700
Last seen 10.3 years ago
Dear BioConductors,
I have unbalanced number of time points in my experiment. In 3 groups
I have, one group has only observations at one time point (time 0),
the other at two time points (times 0, 5) and the last group with four
time points(0, 5, 12, 31). I am wondering if I can use maSigPro for
this type of data. In this case, what order of polynomial fit is good?
Do you recommend to use degree = 1 to reduce the degree of the model
as the best model is the one with the least order? or is it good to
model with degree = 3? I have 4 time points in one group.
Is it better to do this kind of unbalanced time points data with
LIMMA? There are many comparisons to consider if I use LIMMA. What do
you suggest to use?
I did fit a degree = 3 polynomial model and got NA values. The NA
values appeared as below. There were no NA values for the remaining
coefficients. Are these due to no values for some experimental groups
at some time points? Can I ignore these warnings?
Here are my commands and warnings I got..
design.init<-read.table("maSigPro_PhenotypeInput.txt", sep="\t",
header=TRUE, row.names=1)
> design<-make.design.matrix(design.init, deg=3) # Create a maSigPro
design matrix
> design
$dis
VehiclevsNaive BCGvsNaive Time TimexVehicle TimexBCG
Time2 Time2xVehicle Time2xBCG Time3 Time3xVehicle Time3xBCG
Veh Day0 A2.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 A4.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 A5.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day12 A1.CEL 1 0 12 12 0
144 144 0 1728 1728 0
Veh Day12 A3.CEL 1 0 12 12 0
144 144 0 1728 1728 0
Veh Day0 B1.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 B3.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 B4.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day12 B2.CEL 1 0 12 12 0
144 144 0 1728 1728 0
Veh Day12 B3.CEL 1 0 12 12 0
144 144 0 1728 1728 0
Veh Day0 C1.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 C3.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 C4.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day0 C5.CEL 1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Veh Day12 C1.CEL 1 0 12 12 0
144 144 0 1728 1728 0
Veh Day12 C3.CEL 1 0 12 12 0
144 144 0 1728 1728 0
Day 0 A1.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 A2.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 A3.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 5 A1.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 5 A2.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 5 A3.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 12 A1.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 12 A2.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 12 A3.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 31 A1.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 31 A2.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 31 A3.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 0 B1.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 B2.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 B3.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 5 B1.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 5 B2.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 5 B3.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 12 B1.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 12 B2.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 12 B3.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 31 B1.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 31 B2.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 31 B3.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 0 C1.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 C2.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 C3.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 0 C4.CEL 0 1 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Day 5 C1.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 5 C2.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 5 C3.CEL 0 1 5 0 5
25 0 25 125 0 125
Day 12 C1.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 12 C2.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 12 C3.CEL 0 1 12 0 12
144 0 144 1728 0 1728
Day 31 C1.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 31 C2.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Day 31 C3.CEL 0 1 31 0 31
961 0 961 29791 0 29791
Naive A1.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Naive A2.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Naive B1.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Naive B2.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Naive C1.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Naive C2.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
Naive C3.CEL 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0
$groups.vector
[1] "VehiclevsNaive" "BCGvsNaive" "Naive"
"VehiclevsNaive" "BCGvsNaive" "Naive" "VehiclevsNaive"
"BCGvsNaive"
[9] "Naive" "VehiclevsNaive" "BCGvsNaive"
$edesign
Time Replicate Naive Vehicle BCG
Veh Day0 A2.CEL 0 1 0 1 0
Veh Day0 A4.CEL 0 1 0 1 0
Veh Day0 A5.CEL 0 1 0 1 0
Veh Day12 A1.CEL 12 2 0 1 0
Veh Day12 A3.CEL 12 2 0 1 0
Veh Day0 B1.CEL 0 3 0 1 0
Veh Day0 B3.CEL 0 3 0 1 0
Veh Day0 B4.CEL 0 3 0 1 0
Veh Day12 B2.CEL 12 4 0 1 0
Veh Day12 B3.CEL 12 4 0 1 0
Veh Day0 C1.CEL 0 5 0 1 0
Veh Day0 C3.CEL 0 5 0 1 0
Veh Day0 C4.CEL 0 5 0 1 0
Veh Day0 C5.CEL 0 5 0 1 0
Veh Day12 C1.CEL 12 6 0 1 0
Veh Day12 C3.CEL 12 6 0 1 0
Day 0 A1.CEL 0 7 0 0 1
Day 0 A2.CEL 0 7 0 0 1
Day 0 A3.CEL 0 7 0 0 1
Day 5 A1.CEL 5 8 0 0 1
Day 5 A2.CEL 5 8 0 0 1
Day 5 A3.CEL 5 8 0 0 1
Day 12 A1.CEL 12 9 0 0 1
Day 12 A2.CEL 12 9 0 0 1
Day 12 A3.CEL 12 9 0 0 1
Day 31 A1.CEL 31 10 0 0 1
Day 31 A2.CEL 31 10 0 0 1
Day 31 A3.CEL 31 10 0 0 1
Day 0 B1.CEL 0 11 0 0 1
Day 0 B2.CEL 0 11 0 0 1
Day 0 B3.CEL 0 11 0 0 1
Day 5 B1.CEL 5 12 0 0 1
Day 5 B2.CEL 5 12 0 0 1
Day 5 B3.CEL 5 12 0 0 1
Day 12 B1.CEL 12 13 0 0 1
Day 12 B2.CEL 12 13 0 0 1
Day 12 B3.CEL 12 13 0 0 1
Day 31 B1.CEL 31 14 0 0 1
Day 31 B2.CEL 31 14 0 0 1
Day 31 B3.CEL 31 14 0 0 1
Day 0 C1.CEL 0 15 0 0 1
Day 0 C2.CEL 0 15 0 0 1
Day 0 C3.CEL 0 15 0 0 1
Day 0 C4.CEL 0 15 0 0 1
Day 5 C1.CEL 5 16 0 0 1
Day 5 C2.CEL 5 16 0 0 1
Day 5 C3.CEL 5 16 0 0 1
Day 12 C1.CEL 12 17 0 0 1
Day 12 C2.CEL 12 17 0 0 1
Day 12 C3.CEL 12 17 0 0 1
Day 31 C1.CEL 31 18 0 0 1
Day 31 C2.CEL 31 18 0 0 1
Day 31 C3.CEL 31 18 0 0 1
Naive A1.CEL 0 19 1 0 0
Naive A2.CEL 0 19 1 0 0
Naive B1.CEL 0 20 1 0 0
Naive B2.CEL 0 20 1 0 0
Naive C1.CEL 0 21 1 0 0
Naive C2.CEL 0 21 1 0 0
Naive C3.CEL 0 21 1 0 0
> fit <- p.vector(efiltered.mat, design, Q = 0.05, MT.adjust =
"BH",min.obs = 20)
> tstep <- T.fit(fit, step.method = "two.ways.backward", alfa = 0.05)
I got the following warnings after the above step
warnings:
1: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, ... :
NAs introduced by coercion
2: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, ... :
NAs introduced by coercion
>sigs <- get.siggenes(tstep, rsq = 0.6, vars = "groups")
> see.genes(sigs$sig.genes$BCGvsNaive, main = "BCGvsNaive", show.fit =
T,dis =design$dis, cluster.method="kmeans" ,cluster.data = 1, k = 9)
Warning messages:
1: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, p.valor))) :
NAs introduced by coercion
2: In rbind(sol, as.numeric(c(p.value, result$r.squared, p.valor))) :
NAs introduced by coercion
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?betaTimexBCG ? ? betaTime2 betaTime2xVehicle
betaTime2xBCG ? ? betaTime3
AB002558_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -1.824498e-05
AF001953_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0114056076 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -2.616775e-04
AF067795_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0011159473 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -3.539580e-05
D13120_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0011509775 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
E01534cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0029700508 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?8.818569e-05
L24896_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0164766816 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?3.728959e-04
M20156_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0011509235 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
M25638_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0137020816 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -3.174337e-04
M58404_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0123769559 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?2.928362e-04
M60921_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -1.465997e-05
M91652complete_seq_at ? ? ? ? ? NA -0.0020565596 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
M94918mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0256353952 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?6.500460e-04
M94919mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?3.851441e-05
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? ? ? ?NA ?0.000000e+00
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? ? ? ?NA ?1.441130e-04
rc_AA892123_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0038206649 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?1.165693e-04
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? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AA893246_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0010566522 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
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? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AA944324_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0013202929 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AI007824_g_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AI013194_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AI102044_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AI104544_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0019113263 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AI170268_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0012527673 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
rc_AI176662_s_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0036907561 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -1.149829e-04
rc_AI179576_s_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0275651514 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?6.926836e-04
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? ? ? ?NA ?8.997026e-05
rc_AI237836_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
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S68135_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0064503716 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -1.943265e-04
S74351_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0066852568 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -2.153613e-04
U02553cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -2.903164e-05
U12568_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0012220408 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
U19866_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0010647292 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
U39875_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0007813637 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
U84727_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0104752791 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -2.460059e-04
X03347cds_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ?0.0022984842 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -7.116160e-05
X54510_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
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X56325mRNA_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? NA -0.0214234307 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
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X58389cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA -0.0034907821 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?1.055627e-04
X63375exon_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0132059943 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA -3.082255e-04
X66369_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0014723516 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
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X94242_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ?0.0000000000 ? ? ? ? ? ? ? ?NA
? ? ? ?NA ?0.000000e+00
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?betaTime3xVehicle betaTime3xBCG
AB002558_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
AF001953_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
AF067795_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
D13120_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
E01534cds_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
L24896_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M20156_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M25638_s_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M58404_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M60921_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M91652complete_seq_at ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M94918mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
M94919mRNA_f_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?NA ? ? ? ? ? ?NA
rc_AA859783_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
rc_AA875171_g_at ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? NA ? ? ? ? ? ?NA
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I would really appreciate for any suggestions. Thanks in advance..