I am trying to perform some QC on affymetrix array data using the arrayQualityMetrics. I get the following error: qm_vsn <- arrayQualityMetrics(expressionset = thal_vsn, outdir = "/home/testout/vsn2", do.logtransform = FALSE) Error in function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function "arrayQualityMetrics", for signature "vsn" Could somebody kindly help? Thanks! Giovanni Here is the complete code library("affy") thal <- ReadAffy() library("arrayQualityMetrics") library("vsn") thal_vsn <- vsn2(thal) qm_vsn <- arrayQualityMetrics(expressionset = thal_vsn, outdir = "/home/testout/", do.logtransform = FALSE) ----------------------------------------------------------------- La tua mano puo' lasciare un segno importante. Dona il tuo 5 per mille al San Raffaele di Milano. E' SEMPLICE E NON COSTA NULLA. Basta indicare nell'apposito riquadro della dichiarazione dei redditi "Finanziamento della ricerca sanitaria" il codice fiscale della Fondazione Centro S. Raffaele del Monte Tabor: 03 06 42 80 153 e ricordarsi di firmare. Per saperne di piu': 5permille@hsr.it o vai sul sito http://www.5xmille.org. [[alternative HTML version deleted]]

Ciao Giovanni, The arrayQualityMetrics function expects an ExpressionSet (or similar). The output of vsn2 is an object of class 'vsn' that contains the model fitting parameters. Please use the function 'justvsn' to make it produce the transformed ExpressionSet. This is also explained in the vignette 'Introduction to vsn' in the very first few paragraphs. Best wishes Wolfgang Tonon Giovanni ha scritto: > I am trying to perform some QC on affymetrix array data using the arrayQualityMetrics. > > I get the following error: > qm_vsn <- arrayQualityMetrics(expressionset = thal_vsn, outdir = "/home/testout/vsn2", do.logtransform = FALSE) > Error in function (classes, fdef, mtable) : > unable to find an inherited method for function "arrayQualityMetrics", for signature "vsn" > > Could somebody kindly help? > Thanks! > Giovanni > > Here is the complete code > library("affy") > thal <- ReadAffy() > library("arrayQualityMetrics") > library("vsn") > thal_vsn <- vsn2(thal) > qm_vsn <- arrayQualityMetrics(expressionset = thal_vsn, outdir = "/home/testout/", do.logtransform = FALSE) > > ----------------------------------------------------------------- > > La tua mano puo' lasciare un segno importante. > Dona il tuo 5 per mille al San Raffaele di Milano. > > E' SEMPLICE E NON COSTA NULLA. > Basta indicare nell'apposito riquadro della dichiarazione dei redditi "Finanziamento della ricerca sanitaria" > il codice fiscale della Fondazione Centro S. Raffaele del Monte Tabor: > 03 06 42 80 153 e ricordarsi di firmare. > Per saperne di piu': 5permille at hsr.it o vai sul sito http://www.5xmille.org. > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > Bioconductor mailing list > Bioconductor at stat.math.ethz.ch > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioconductor > Search the archives: http://news.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor -- Best wishes Wolfgang ------------------------------------------------------- Wolfgang Huber EMBL http://www.embl.de/research/units/genome_biology/huber