Dear bioconductors, How do I perform a linear regression ("lm"-like) with a permutation correction of the pvalue? I tried to use the MTP function of the multtest package with the command below however I get an "NA" call as rawp value. > MTP(X=t(as.matrix(x)), Y=y, test="lm.YvsXZ", B=NumPermutations) Where x and y are two numerical vectors. In Comparison: The standard "lm" function does compute a pvalue for these two vectors. Best regards, Benjamin Otto ====================================== Benjamin Otto University Hospital Hamburg-Eppendorf Institute For Clinical Chemistry Martinistr. 52 D-20246 Hamburg Tel.: +49 40 42803 1908 Fax.: +49 40 42803 4971 ====================================== -- Pflichtangaben gem?? Gesetz ?ber elektronische Handelsregister und Genossenschaftsregister sowie das Unternehmensregister (EHUG): Universit?tsklinikum Hamburg-Eppendorf K?rperschaft des ?ffentlichen Rechts Gerichtsstand: Hamburg Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. J?rg F. Debatin (Vorsitzender) Dr. Alexander Kirstein Ricarda Klein Prof. Dr. Dr. Uwe Koch-Gromus