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Giovanni Coppola
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@giovanni-coppola-893
Last seen 10.2 years ago
Hello Frederic,
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Giovanni
On May 19, 2006, at 8:27 AM, Frederic Capel wrote:
> Cher Monsieur, je viens demander un peu d'aide sur l'utilisation du
> package Limma: j'esp?re que vous allez pouvoir m'aider!
> je suis tomb? sur une question ancienne relative au flag de spots
> lorsque
> Limma est utilis? pour traiter des data issues de F extraction
> d'agilent,
> j'ai un souci comparable ? celui que vous aviez: je n'arrive pas ?
> g?rer
> les flags: pouvez vous me renseigner sur la commande ? introduire ?
> dans
> mon objet Rg je n'ai pas de weight, ce qui ?tait le cas lorsque je
> travaillais avec Genepix et des .gpr
> Merci par avance
>
> mon script pr?liminaire sans fonction pour les flags car rien ne
> marche:
> targets<- readTargets("target1.txt",row.names="Slide number")
> RG <-read.maimages(targets$FileName,source="agilent")
> #Read 251239140435.txt
> #Read 251239140486.txt
> #Read 251239140436.txt
> #Read 251239140487.txt
> #Read 251239140465.txt
> #Read 251239140534.txt
> #Read 251239140537.txt
> #Read 251239140460.txt
> #Read 251239140539.txt
> #Read 251239140484.txt
> #Read 251239143844.txt
> #Read 251239140540.txt
>
> names(RG)
> #[1] "G" "Gb" "R" "Rb" "targets" "genes"
> "source"
> names(RG$genes)
> #[1] "Row" "Col" "ProbeUID"
"ControlType"
> #[5] "ProbeName" "GeneName" "SystematicName"
"Description"
>
>
>
>
> Votre message ?tait:
> Hi list,
>
> does somebody here knows if there's a function in the
> Bioconductor packages for reading flags data (feature
> saturation, non uniformity, etc...) or other kind of
> data from Agilent files (from Feature Extraction
> software). I used read.Agilent(marray) but it doesn't
> read other data that Fg and Bg intensities, wrong ? Or
> is there something to do with the '... further
> arguments to scan(base)' ?
>
>
>
>
>
> Frederic Capel, Ph D
> PostDoc
> INSERM U586, Obesity Research Unit
> IFR31, Institut Louis Bugnard, BP 84225
> 31432 TOULOUSE Cedex 4
> Frederic.Capel at toulouse.inserm.fr
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> Bioconductor mailing list
> Bioconductor at stat.math.ethz.ch
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